Strateški ciljevi Univerziteta su sprovodjenje Bolonjskog procesa, podizanje nivoa kvaliteta studija, potom učešće u medjunarodnim naučno-istraživačkim projektima, kao i drugim tipovima projekata iz oblasti visokog obrazovanja.

Univerzitet u Istočnom Sarajevu je autonomna, naučna, obrazovna i umjetnička ustanova, koja u svom sastavu ima petnaest fakulteta i dvije akademije umjetnosti, čiji je osnivač Republika Srpska.

Od svog osnivanja, Univerzitet je okrenut ka regionalnoj i medjunarodnoj saradnji, s ciljem ostvarenja ravnopravnog partnerstva na svim nivoima.

Strateški ciljevi Univerziteta su sprovodjenje Bolonjskog procesa, podizanje nivoa kvaliteta studija, potom učešće u medjunarodnim naučno-istraživačkim projektima, kao i drugim tipovima projekata iz oblasti visokog obrazovanja, sklapanje bilateralnih Opštih i Posebnih sporazuma sa univerzitetima iz zemlje i svijeta, mobilnost studenata i nastavnog osoblja, razvoj aktivnosti vezanih za medjunarodne obrazovne projekte te članstvo u medjunarodnim mrežama i institucijama/organizacijama.

Navedeni ciljevi sprovode se kroz:

• obrazovnu djelatnost
• naučno-istraživačku djelatnost
• medjunarodnu saradnju
• izdavačku djelatnost
• pružanje intelektualnih usluga privrednim i javnim ustanovama
• izdavanje atesta ispravnosti instrumenata
• nabavku knjiga, časopisa, kao  i druge stručne literature, opreme, repromaterijala i rezervnih dijelova za potrebe članova Univerziteta
• upravljanje projektima
• koordiniranje aktivnosti Univerziteta u institucijama / organizacijama i mrežama čiji je član
• organizacija konferencija, seminara, radionica na domaćem i medjunarodnom nivou, itd.

Medjunarodni naučno-istraživački projekti i ostali projekata iz područja visokoga obrazovanja i mreže, u kojima učestvuje UIS: Tempus, FP7, CEEPUS II, COST, EUREKA,UNESCO, USAID te drugi tipovi projekata iz oblasti bilateralne saradnje na regionalnom, državnom i medjudržavnom nivou.

Univerzitet u Istočnom Sarajevu je članica više mreža, asocijacija, institucija / organizacija na domaćem i medjunarodnom nivou - Rektorska konferencija BiH, Evropska asocijacija univerziteta - EUA,  Mreža agencija za osiguranje kvaliteta u Centralnoj i Istočnoj Evropi – CEE, itd.

UIS ima preko dvadeset bilateralnih sporazuma, potpisanih sa univerzitetima iz zemlje i inostranstva, koji regulišu različite tipove saradnje, kao što je zajednički rad na projektima koji su od zajedničkog interesa, razmjena studenata i nastavnog osoblja, zajednička izdavačka djelatnost, te drugi oblici saradnje u cilju unaprjedjenja akademske saradnje.